Diagnostic plot

A partir des fichiers spécifiés dans le block TABLE, il est possible de représenter des graphiques diagnostiques.
Ces fichiers sont format ASCII.

# chemin complet du fichier “base.fit”
ch <-“c:/nmvi/run/theo/base.nm7/base.fit”
cd<-paste(ch,filename,sep=”/”)
data<-read.table(cd,header=TRUE,skip=1)
# visualiser les noms des colonnes et verifier: names(data)
str(data)
# faire un graphique des PRED en fonction des DV
# plot de base DV en fc de PRED, bornes 0 et 10000:
plot(data$DV,data$PRED,
xlab=”Observed concentrations (ng/mL)”,
ylab=”Predicted concentrations (ng/mL)”,
xlim=c(0,10000),
ylim=c(0,10000)) options(na.action=na.exclude)
# ajout de la régression linéaire (après avoir éliminé les valeurs à t0)
data2 <- data[data$TIME>0,]
lm.obs <- lm(data2$PRED~data2$DV)
# lty peut prendre plusieurs valeurs: 0=blank, 1=solid, 2=dashed, 3=dotted abline(lm.obs, lty=3, col=”red”)
# ajout de la droite théorique
abline(a=0, b=1, lty=1, col=”blue”)

Autre code utilisant la librairie ggplot2.

dv_pred <- ggplot(data,aes(x = PRED, y = DV, label = ID)) +
geom_point(shape=1, size=2) +
geom_abline(slope = 1, intercept = 0) +
# geom_text(hjust=2) +
geom_smooth(method = lm, se=FALSE, linetype=”dashed”, color=”black”) +
scale_x_continuous(limits = c(0,50),
breaks = seq(10,50,10),
labels = seq(10,50,10)) +
scale_y_continuous(limits = c(0,50), breaks = seq(10,50,10),
labels = seq(10,50,10)) +
labs(x=”PRED (mg/L)”, y=”DV (mg/L)”,
title = “Pharmacokinetic of XXX in YYY patients”,
# subtitle = “run 001”,
colour = “ID”) +
theme_bw() +
theme(legend.position=”right”,
panel.grid.major.y = element_line(“grey”),
panel.grid.major.x = element_line(“white”),
panel.grid.minor = element_line(“white”)
)
dv_pred