Base de données

La base de données de NONMEM contient toutes les informations. Quelque soit le type d’analyse, PK, PK/PD ou autre, il n’y aura donc qu’un seul fichier pour contenir la base de données. Celle-ci doit avoir un format ASCII. Le plus souvent, on utilise le format csv où les colonnes séparées par des virgules. Les tableurs français (excel…) utilisent un format csv différent avec des “;” comme séparateur de colonne. Il faut donc changer les paramètres pour obtenir des “,”.

Exemple de base de données dans Excel
La même dans le bloc-notes

Organisation des données

Les données doivent être organisées de façon rigoureuses pour que Nonmem puisse les interpréter. Un seul tableau pour toutes les informations:

  • administrations (doses administrées, voies d’administration),
  • variables dépendantes (concentrations, effets),
  • variables décrivant les patients (numéro d’identification, covariables comme le poids…),
  • variable de temps.

Selon les codes utilisés, les administrations seront faites :
– pour une administration unique, répétée ou à l’état d’équilibre,
– dans un compartiment ou un autre (intraveineux, intramusculaire, per os…),
– à débit constant ou non…

Ces informations peuvent changer d’un patient à un autre et pour un même patient, d’une occasion à une autre. On le voit, nonmem est un outil extrêmement souple et capable de s’adapter à toutes les situations rencontrées en pratique.
En revanche, toute erreur dans la base de données peut entraîner une impossibilité d’analyse ou pire, une analyse erronée. Il faut donc impérativement vérifier la base de données AVANT de commencer une analyse !

L’expérience montre que la création de la base de données nécessite un temps non négligeable.

Le principe général est que le tableau de données comporte une nouvelle ligne à chaque modification:
– de concentration (Pharmacocinétique) ou de mesure d’un effet (Pharmacodynamie),
– de dose,
– de valeur d’une covariable.

Les colonnes représentent :
– soit des variables liées au patient (numéro d’identification, covariables, concentrations, effet),
– soit des codes nonmen (compartiment d’administration),
– soit le(s) variables de temps (DATE, TIME).

Le fichier contient plusieurs sortes d’informations:
– des informations sur les administrations (dose, heure, fréquence, voie d’abord),
– des informations sur les observations (concentration, effet),
– des informations sur des covariables.

Chaque cellule de la tablea doit contenir une valeur, 0 ou ‘.’ le cas échéant. Il ne peut y avoir que des données numériques.

La dose et les concentrations n’ont pas nécessairement les mêmes unités: il existe un paramètre pour mettre à l’échelle (S).

ex. : Dose en mg et Concentration en µg/L => S1 = V/1000

L’ouverture de fichiers *.csv dans excel peut donner lieu à un message d’erreur (SYLK) qui pourrait être contourné en ajoutant un dièse (#) en début de la première ligne.

Lors d’administrations répétées, il peut être utile d’avoir une variable supplémentaire (colonne) destinée à remettre le temps à “0” chaque administration (Time After Dose, TAD). Très utile, notamment pour créer des graphiques.