Diagnostic plots

A partir des fichiers spécifiés dans le block TABLE, il est possible de représenter des graphiques diagnostiques.
Ces fichiers sont format ASCII.

# charger le fichier « base.fit »
ch <-« c:/nmvi/run/theo/base.nm7 »
filename <- « base.fit »
cd<-paste(ch,filename,sep= »/ »)
data<-read.table(cd,header=TRUE,skip=1)
# selon les options dans le Block TABLE, le tableau de données aura, ou pas, des noms de colonnes
# visualiser les noms des colonnes et vérifier:
names(data)
str(data)

Exemple de code en utilisant la librairie ggplot2.

dv_pred <- ggplot(data,aes(x = PRED, y = DV, label = ID)) +
geom_point(shape=1, size=2) +
geom_abline(slope = 1, intercept = 0) +
# geom_text(hjust=2) +
geom_smooth(method = lm, se=FALSE, linetype= »dashed », color= »black ») +
scale_x_continuous(limits = c(0,50),
breaks = seq(10,50,10),
labels = seq(10,50,10)) +
scale_y_continuous(limits = c(0,50), breaks = seq(10,50,10),
labels = seq(10,50,10)) +
labs(x= »PRED (mg/L) », y= »DV (mg/L) »,
title = « Pharmacokinetic of XXX in YYY patients »,
# subtitle = « run 001 »,
colour = « ID ») +
theme_bw() +
theme(legend.position= »right »,
panel.grid.major.y = element_line(« grey »),
panel.grid.major.x = element_line(« white »),
panel.grid.minor = element_line(« white »)
)
dv_pred

A partir de ce code, il est facile de l’adapter pour d’autres diagnostic plots:

DV vs IPRED
CWRES vs TIME
CWRES vs PRED (ou plutôt CPRED)
NPDE vs TIME
NPDE vs CPRED