Block ESTIMATION

METHOD

La méthode d’analyse est spécifiée ici par la commande METHOD:

METHOD = 0 (ou FO)
(méthode par défaut si rien n’est précisé)
Ce qui correspond à la méthode First Order.
Cette méthode est souvent la plus rapide mais au prix d’erreur notamment dans la sélection de covariables. La méthode suivante est recommandée.

METHOD = 1 (ou FOCE)
Cela correspond à la méthode First Order Conditional Estimates.
Dans ce cas, deux autres possibilités sont offertes, INTERACTION et LAPLACIEN
– INTERACTION est à utiliser quand on veut prendre en compte une interaction entre les variabilités intra (EPS) et inter-individuelles (ETA).
Dans le cas : Y = F + EPS(1)
VAR(Y) = VAR(EPS(1))
ne dépend pas de F ni donc d’ETA,
il n’y a pas d’interaction entre ETA et EPS ce qui veut dire:
FOCE est équivalent à FOCE INTERACTION
Dans le cas : Y = F * ( 1 + EPS(1))
la VAR(Y) = (F**2)*VAR(EPS(1))
dépend de F et donc d’ETA,
il y a une interaction entre ETA et EPS qu’il faut prendre en compte:
FOCE INTERACTION est plus juste que FOCE.
NB: Var(aX+b) = a² Var(X)
– LAPLACIEN est plus rarement utilisée.

MAXEVAL=x
donne le nombre maximum d’itération.
Si MAXEVAL=0, nonmem va utiliser tous les paramètres initiaux pour calculer les PREDictions sans estimer les paramètres THETA, ETA et SIGMA.
Si les valeurs passées en THETA, ETA et SIGMA sont les valeurs finales et que MAXEVAL=0, les IPRED seront des valeurs bayésiennes.
Dans le cas où MAXEVAL=0, il faut enlever le $COV.

SIG=x
donne le nombre de digits que nonmem va essayer d’estimer. Un nombre élevé peut etre source de « plantage ». La valeur par défaut est 3 mais il peut etre utile de baisser à 2 (voire d’augmenter pour faciliter l’étape de covariance).

METHOD = ITS ; (pour iterative two stage)
E-step avec approximation FOCE
M-step une itération de maximization
Plus rapide que FOCE si MU_referencing.
Utile pour obtenir des valeurs initiales acceptables passées ensuite a SAEM par exemple.
Exemple:
$EST METHOD=ITS INTERACTION FILE=temp.txt NITER=30 PRINT=5 SIGL=6 NOABORT

METHOD = IMP ; (pour importance sampling)
ex.: $EST METHOD=IMP INTERACTION NITER=10 ISAMPLE=1000 EONLY=1
NITER (50): nombre max d’iteration
ISAMPLE (300): nombre d’échantillon randomisé par sujet utilisé par E-step, 1000-3000 pour sparse data
IACCEPT(0.4): expand proposal density 0.1 to 0.3 pour sparse data et données catégorielles
DF (0): degrés de liberté
0 is normal density
entre 4 et 10 pour des données sparse
EONLY (0): seulement Expectation step (non 0 / oui 1)
1 evaluation de l’Objective Function par E-step seulement (=> NITER = 5 or 10)
0 les paramètres de population parameters sont aussi updatés
SEED: défaut 11456

METHOD = Monte Carlo Importance sampling EM assisted by Mode a Posteriori estimation (IMPMAP)
ex.: $EST METHOD=IMPMAP INTERACTION

METHOD = Stochastic Approximation Expectation Maximization (SAEM)
ex.: $EST METHOD=SAEM NBURN=2000 NITER=1000

$EST METHOD=ITS INTERACTION FILE=temp.txt NITER=30 PRINT=5 SIGL=6 NOABORT
$EST METHOD=SAEM INTERACTION NBURN=2000 NITER=1000 PRINT=100 ISAMPLE=2
$EST METHOD=IMP INTERACTION ISAMPLE=1000 NITER=5 EONLY=1 PRINT=1

NBURN (1000): nombre max d’iteration pour réaliser la phase stochastique
FILE: pendant le mode « burn », le resultat peut être suivi dans un fichier.
SAEMOBJ: l’avance de la Fc Obj. peut être suivie.
Pas validé pour tester une hypothese (un test de termination de la phase stationnaire est disponible)
NITER (1000): nombre max number d’iteration pour réaliser la phase non-stochastique
ISAMPLE (2): n est le nombre de chaines utilisé par l’algorythme de Metropolis-Hastings pour les estimations des paramètres individuels. La valeur de défaut est 2 pour SAEM et 1 pour BAYES.
Après l’analyse, une Fonction Objective pour tester une hypothèse et les standard errors peuvent être obtenus par IMP.

METHOD = BAYES (pour Full Markov Chain Monte Carlo Bayesian analysis)
$EST METHOD=BAYES INTERACTION
NBURN (4000)[/b]: nombre max d’iteration pour réaliser la phase « burn-in »
FILE: pendant la phase « burn-in », les résultats peuvent être suivis dans un fichier. ex. FILE=base.txt
MCMCOBJ: L’avancée de la Fc. Obj.peut être suivie.
Pas validé pour tester une hypothèse (un test de terminaison pour la phase stationnaire est disponible).
NITER (10,000): nombre max d’itération pour réaliser la phase stationnaire.
ISAMPLE, PSAMPLE, OSAMPLE: paramètrage pour l’algorythme MCMC Metropolis-Hastings. Habituellement ne nécessite pas d’être changé.